《危险便利店》是一部悬疑氛围拉满的都市怪谈漫画，讲述了刚毕业的大学生陈默，为了省钱租下了一间老旧公寓，楼下正好是一家24小时营业的便利店“喜乐多”。这家便利店看似普通，却怪事频发：凌晨三点会自动补满的货架、永远在打折却无人问津的临期食品、以及那位总是背对着顾客、从不多说一句话的阴郁店主。陈默在便利店兼职后，逐渐发现深夜进店的客人并非都是人类，这家便利店实际上是连接两个世界的“边境驿站”，而他自己，似乎也与这个秘密有着千丝万缕的联系。
老店主在平息了一场来自异界的骚动后，耗尽了所有力量，化为光芒消散。他将“喜乐多”便利店连同其守护两界平衡的职责，一同托付给了已经成长起来的陈默。陈默接过了那串冰冷的钥匙，成为了新一代的守夜人。
陈默发现便利店的镜子中，自己的倒影偶尔会做出与他不同的动作，甚至露出诡异的微笑。他开始怀疑，自己是否已经在不知不觉中，被来自异界的什么东西“替换”了。
陈默在盘点时发现，监控录像里每晚都会记录下13位深夜顾客，但他当晚数来数去都只有12个人。他开始怀疑自己是不是数错了，直到他发现第13位客人，其实一直站在他身后。
一个暴雨夜，一个浑身湿透的年轻女孩冲进便利店，恳求陈默让她躲一躲。女孩消失后，陈默才从电视新闻里看到，那个女孩的照片赫然出现在一则“本市一女子于昨夜失踪”的报道上。
陈默在清理仓库时，发现了一本泛黄的账本，上面记录的交易物品千奇百怪：“三根手指换一个梦想”、“十年的寿命换一次重逢”。他震惊地拿着账本去找店主，店主只是淡淡地说：“这里的东西，本来就不只是用钱来买的。”
失业又缺钱的陈默在公寓楼下看到便利店的招聘启事，报酬异常丰厚。他推门进去面试，背对着他的店主用沙哑的声音说：“这里的工作很简单，上夜班，别多问，别多看，天亮就下班。”